Nach der Eröffnung des Zahnes wird der Hohlraum im Inneren mit grazilen Instrumenten erweitert, von Geweberesten befreit und desinfiziert. Bei einer starken Entzündung muss vor der sog. Wurzelfüllung für einige Tage ein Medikament in den Zahn eingebracht werden, um sie zum Abklingen zu bringen.
Wenn der Zahn beschwerdefrei ist, wird der Hohlraum mit einer Wurzelfüllung komplett ausgefüllt, um Hohlräume zu vermeiden, in denen sich Bakterien vermehren und zu einer erneuten Entzündung führen könnten. Danach wird die Öffnung im Zahn dicht verschlossen, damit keine Bakterien eindringen können.